El Fons Pitiús de Cooperació mantiene relaciones institucionales y de coordinación con diversas entidades autonómicas. Es miembro de la Comissió de Coordinació dels Ens Territorials de les Illes Balears, de la Comissió d’Enllaç pel Sàhara y del Consell de Cooperació.
De forma continuada, el Fons se reúne con el Fons Mallorquí de Solidaritat i Cooperació y el Fons Menorquí de Cooperació para tratar aquellos temas que son comunes a los tres fondos: cofinanciación y seguimiento de proyectos de cooperación directa, educación transformadora, formación, campañas de educación para la ciudadania global, gestiones con diversos organismos como la CAIB y la UIB.
Además, los tres fondos tienen un proyecto común, con el que se pretende establecer alianzas con entidades de otros países para intercambiar experiencias, complementar actuaciones y estar representados de forma conjunta ante la Unión Europea, que es la principal financiadora de programas de desarrollo. Este proyecto conjunto posibilita el conocimiento del complejo funcionamiento de la Unión Europea y de las entidades que trabajan en el ámbito de la cooperación.