El Fons Pitiús de Cooperació manté relacions institucionals i de coordinació amb diverses entitats autonòmiques. És membre de la Comissió de Coordinació dels Ens Territorials de les Illes Balears, de la Comissió d’Enllaç pel Sàhara i del Consell de Cooperació.
De forma continuada, el Fons es reuneix amb el Fons Mallorquí de Solidaritat i Cooperació i el Fons Menorquí de Cooperació per tractar aquells temes que són comuns als tres fons: cofinançament i seguiment de projectes de cooperació directa, educació transformadora, formació, campanyes d’educació per a la ciutadania global, gestions amb diversos organismes com la CAIB i la UIB.
A més, els tres Fons tenen un projecte comú, amb el qual es pretén establir aliances amb entitats d’altres països per intercanviar experiències, complementar actuacions i estar representats de forma conjunta davant la Unió Europea, que és la principal finançadora de programes de desenvolupament. Aquest projecte conjunt possibilita el coneixement del complex funcionament de la Unió Europea i de les entitats que hi treballen en l’àmbit de la cooperació.